2012-ci ildə yaradılmışdır. Adındanda görüldüyü kimi Ağsu şəhərinin futbol klubudur. Komanda yaradılanda ilk öncə həvəskar liqada oynayırdı. Amma o zaman qeyri-stabil heyətlə çıxış edirdi bu səbəbdən də klub tezliklə dağıdıldı. Lakin 2012-ci ildə tam heyətlə yaradılaraq 2012/2013 mövsümündə Azərbaycan Birinci Liqasında çıxış etməklə fəaliyyətə başladı. Çıxış etdiyi elə ilk mövsümdəcə 1-ci divizionun çempionu oldu. Lakin müəyyən səbəblərə görə Azərbaycan Premyer Liqasına yüksələ bilmədi. Amma AFFA-nın 2014-cü ildə qoyduğu yeni qərara əsasən 2014–2015 mövsümündə aşağı liqadan ilk 6 yeri tutan komanda Azərbaycan Premyer Liqasına yüksələcəkdi. Və növbəti mövsüm Ağsunun Azərbaycan Premyer Liqasında oynama şansı daha böyük idi. Ancaq sonradan bu qərar dəyişdi ve Premyer liqaya yalnız çempion olan komanda yüksələ bilərdi. Ağsu FK Azərbaycan Birinci Liqasında 4-cü oldu və Azərbaycan Premyer Liqasına yüksələ bilmədi. Ağsu FK-nun ölkə kubokunda hələ ki bəxti gətirmir. 2012–2013 mövsümündə Tərəqqiyə 3:1 hesabı ilə məğlub oldu və ölkə kubokundan kənar qaldı. 2013–2014 mövsümündə isə ölkə kubokunda 16/1 finalda Araz-Naxçıvan PFK-na əlavə vaxtda 0:1 hesabı ilə məğlub oldu və kubokdan kənarda qaldı. 2014–2015 mövsümündə Ağsu FK bu dəfə Premyer liqa təmsilçisi olan Qəbələ FK ilə 1/8 finalda görüşdü. Bu oyunda təcrübə öz sözünü dedi. Ağsu FK 3:0 hesabı ilə məğlub oldu.
